Ngày 04/10/2016, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 139/2016/NĐ-CP quy định về lệ phí môn bài đối với tổ chức, cá nhân có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa dịch vụ.
Nội dung chi tiết của Nghị định 139/2016/NĐ-CP như sau:

NGHỊ ĐỊNH
QUY ĐỊNH VỀ LỆ PHÍ MÔN BÀI

Căn cứ Luật tổ chức Chính phủ ngày 19 tháng 6 năm 2015;
Căn cứ Luật phí và lệ phí ngày 25 tháng 11 năm 2015;
Theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
Chính phủ ban hành Nghị định quy định về lệ phí môn bài.

Điều 1. Phạm vi điều chỉnh
Nghị định này quy định người nộp lệ phí môn bài; miễn lệ phí môn bài; mức thu và khai, nộp lệ phí môn bài.

Điều 2. Người nộp lệ phí môn bài
Người nộp lệ phí môn bài là tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, trừ trường hợp quy định tại Điều 3 Nghị định này, bao gồm:

1. Doanh nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật.
2. Tổ chức được thành lập theo Luật hợp tác xã.
3. Đơn vị sự nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật.
4. Tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị – xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội – nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân.
5. Tổ chức khác hoạt động sản xuất, kinh doanh.
6. Chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh của các tổ chức quy định tại các khoản 1, 2, 3, 4 và 5 Điều này (nếu có).
7. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Điều 3. Miễn lệ phí môn bài
Các trường hợp được miễn lệ phí môn bài, gồm:

1. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh có doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống.
2. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh không thường xuyên; không có địa điểm cố định theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
3. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất muối.
4. Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình nuôi trồng, đánh bắt thủy, hải sản và dịch vụ hậu cần nghề cá.
5. Điểm bưu điện văn hóa xã; cơ quan báo chí (báo in, báo nói, báo hình, báo điện tử).
6. Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã hoạt động dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ sản xuất nông nghiệp.
7. Quỹ tín dụng nhân dân xã; hợp tác xã chuyên kinh doanh dịch vụ phục vụ sản xuất nông nghiệp; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã và của doanh nghiệp tư nhân kinh doanh tại địa bàn miền núi. Địa bàn miền núi được xác định theo quy định của Ủy ban Dân tộc.

Điều 4. Mức thu lệ phí môn bài

1. Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ như sau:
   a) Tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng: 3.000.000 đồng/năm;
   b) Tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống: 2.000.000 đồng/năm;
   c) Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác: 1.000.000 đồng/năm.
   Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức quy định tại điểm a và điểm b khoản này căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

2. Mức thu lệ phí môn bài đối với cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ như sau:
   a) Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 500 triệu đồng/năm: 1.000.000 đồng/năm;
   b) Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 300 đến 500 triệu đồng/năm: 500.000 đồng/năm;
   c) Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 100 đến 300 triệu đồng/năm: 300.000 đồng/năm.
3. Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian của 6 tháng đầu năm thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm; nếu thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian 6 tháng cuối năm thì nộp 50% mức lệ phí môn bài cả năm.
   Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh nhưng không kê khai lệ phí môn bài thì phải nộp mức lệ phí môn bài cả năm, không phân biệt thời điểm phát hiện là của 6 tháng đầu năm hay 6 tháng cuối năm.

4. Tổ chức quy định tại các điểm a, b khoản 1 Điều này có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.
   Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra tiền đồng Việt Nam để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp lệ phí môn bài nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

5. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình quy định tại khoản 2 Điều này có thay đổi doanh thu thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là doanh thu của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.

Điều 5. Khai, nộp lệ phí môn bài

1. Khai lệ phí môn bài được thực hiện như sau:
   a) Khai lệ phí môn bài một lần khi người nộp lệ phí mới ra hoạt động kinh doanh, chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh;
   b) Trường hợp người nộp lệ phí mới thành lập cơ sở kinh doanh nhưng chưa hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải khai lệ phí môn bài trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và đăng ký thuế.
2. Hồ sơ khai lệ phí môn bài là Tờ khai lệ phí môn bài theo mẫu ban hành kèm theo Nghị định này.
3. Người nộp lệ phí môn bài nộp Hồ sơ khai lệ phí môn bài cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
   a) Trường hợp người nộp lệ phí có đơn vị phụ thuộc (chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) kinh doanh ở cùng địa phương cấp tỉnh thì người nộp lệ phí thực hiện nộp Hồ sơ khai lệ phí môn bài của các đơn vị phụ thuộc đó cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của người nộp lệ phí;
   b) Trường hợp người nộp lệ phí có đơn vị phụ thuộc (chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) kinh doanh ở khác địa phương cấp tỉnh nơi người nộp lệ phí có trụ sở chính thì đơn vị phụ thuộc thực hiện nộp Hồ sơ khai lệ phí môn bài của đơn vị phụ thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị phụ thuộc.
4. Thời hạn nộp lệ phí môn bài chậm nhất là ngày 30 tháng 01 hàng năm. Trường hợp người nộp lệ phí mới ra hoạt động sản xuất kinh doanh hoặc mới thành lập cơ sở sản xuất kinh doanh thì thời hạn nộp lệ phí môn bài chậm nhất là ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai lệ phí.
5. Lệ phí môn bài thu được phải nộp 100% vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

Điều 6. Hiệu lực thi hành.

1. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2017.
2. Trường hợp người nộp thuế môn bài đang hoạt động kinh doanh đã khai, nộp thuế môn bài trước ngày 01 tháng 01 năm 2017 thì không phải nộp hồ sơ khai lệ phí môn bài cho các năm tiếp theo nếu không có thay đổi các yếu tố làm căn cứ xác định mức thu lệ phí môn bài phải nộp.
   Căn cứ vào vốn hoặc doanh thu và mức lệ phí môn bài, cơ quan thuế rà soát và lập bộ lệ phí môn bài, thông báo lệ phí môn bài phải nộp cho tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình và triển khai quản lý thu lệ phí môn bài theo quy định của Nghị định này.

3. Kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, Nghị định số 75/2002/NĐ-CP ngày 30 tháng 8 năm 2002 của Chính phủ về việc điều chỉnh mức thuế môn bài và Điều 18 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22 tháng 7 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế hết hiệu lực thi hành.

Điều 7. Trách nhiệm thi hành

1. Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các Điều 2, 3, 4 và 5 Nghị định này.
2. Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các đối tượng áp dụng của Nghị định chịu trách nhiệm thi hành Nghị định này.